הדוגמה הראשונה היא המונח: “Se’et” (בראשית ד:ז). לא ברור אם יש לקרוא את הפסוק כך: “הֲלוֹא אִם־תֵּיטִיב שְׂאֵת [se’et]?” ובמקרה זה se’et כרוך בסליחה ובמחילה; או: “אם תיטיב, אך תישא [se’et] את חטאתך אם לא תיטיב.” לפי פירוש זה, se’et מתייחס לזכירה: אם לא תיטיב, חטאתך תיזכר.

המקרה הלא־ודאי השני הוא המונח: “Meshukkadim” (שמות כ״ה:ל״ד). ניתן לקרוא פסוק זה כך: “ובמנורה ארבעה גביעים משוקדים [meshukkadim]”; או כך: “כפתוריה ופרחיה משוקדים [meshukkadim].” במילים אחרות, את המונח meshukkadim אפשר לקרוא או עם החלק הראשון או עם החלק האחרון של הפסוק.

בדומה לכך, ניתן לקרוא את המונח: “Maḥar” (שמות יז:ט) כך: “וצא, הילחם בעמלק מחר [maḥar]”. לחלופין, משמעותו יכולה להיות שיהושע חייב לצאת למלחמה בעמלק מיד, ומשה הוסיף: “מחר [maḥar] אני אעמוד על ראש הגבעה” (שמות יז:ט), אך היום אינך זקוק לתפילתי. שוב, השאלה היא האם מונח זה שייך לתחילת הפסוק או לסופו.

המקרה הרביעי הוא המונח: “Arur” (בראשית מט:ז). ניתן לקרוא פסוק זה כך: “ארור [arur] אפם כי עז, ועברתם כי קשתה”, בשל יחסם של לוי ושמעון לשכם. לחלופין, ניתן לקרוא מונח זה, המופיע בתחילת הפסוק, כמילה האחרונה של הפסוק הקודם: “ובאפם עקרו שוורים ארורים [arur]” (בראשית מט:ו–ז). לפי פירוש זה, “שוורים ארורים” מתייחס לשווריו של שכם, שירדו מן כנען הארור.

לבסוף, המונח: “וְקָם” (דברים ל״א:ט״ז) יכול להיקרא כך: “הנה, אתה עומד לשכב עם אבותיך ולקום [וְקָם]” בזמן תחיית המתים; או: “והעם הזה יקום [וְקָם] ויזנה.”

הגמרא מסבירה את הקושיה שהובאה בברייתא זו. והאם לא נלמד בברייתא שיוסף מהוצל הוא מי שנקרא יוסף הבבלי, שכן הוצל היא עיר בבבל; והוא גם האדם הנקרא איסי בן יהודה, שכן איסי היא צורה מקוצרת של יוסף; הוא איסי בן גור אריה, כינוי ליהודה; הוא איסי בן גמליאל; הוא איסי בן מהללאל? ומהו שמו האמיתי? איסי בן עקיבא הוא שמו. אם אכן מדובר באותו אדם, איסי בן יהודה, שהוא יוסף מהוצל, אומר שיש רק חמישה פסוקים שניקודם אינו ברור, ואילו כאן הוא מוסיף פסוק נוסף. הגמרא מסבירה: בתורה עצמה אכן אין יותר מחמישה פסוקים, אבל בנביאים יש דוגמאות נוספות לפיסוק דו־משמעי, שאחת מהן היא הפסוק ממלכים א׳.

הגמרא מעלה קושי: ובתורה עצמה, האם אין דוגמאות אחרות לפיסוק בלתי מוכרע? והרי יש את הספק שרב חסדא העלה לגבי הפסוק: "וישלח את נערי בני ישראל ויעלו עולות" (שמות כד:ה); האם עולות אלו היו כבשים, וכאשר הפסוק ממשיך: "ויזבחו זבחים שלמים לה' פרים," רק שלמים אלו היו פרים? או שמא אלו ואלו היו פרים, שכן המילה "פרים" מתייחסת הן לעולות הן לשלמים? זהו פסוק נוסף שפיסוקו אינו ברור. הגמרא דוחה טענה זו: אין זו קושיה; לפי רב חסדא היה ספק כיצד לקרוא את הפסוק, אך הפירוש היה ברור לאיסי בן יהודה.

משנה:הווילון החיצון שבין ההיכל לבין קודש הקודשים היה מורם [פרופה] מעט בצד הדרומי של ההיכל, והווילון הפנימי היה מורם מעט בצד הצפוני של ההיכל, ולפיכך הכהן הגדול לא היה יכול להיכנס לקודש הקודשים ישירות. אלא, הוא נכנס דרך הפתח הדרומי והולך בין הווילונות עד שהוא מגיע אל הפתח שבצפון. כאשר הוא מגיע אל הפתח שבצפון, הוא נכנס לקודש הקודשים דרך אותו פתח, מפנה את פניו לדרום, והולך לשמאלו לאורך הווילון עד שהוא מגיע אל המקום שלפני הארון.

כאשר הוא מגיע אל הארון, הוא מניח את מחתת הגחלים בין שני הבדים. הוא צובר את הקטורת מעל הגחלים, וכל החדר כולו היה מתמלא בעשן. לאחר מכן הוא יוצא ובא החוצה בדרך שבה נכנס. הוא אינו מסתובב אלא יוצא מקודש הקודשים בהליכה בעודו פונה אל הארון. והוא נושא תפילה קצרה בלשכה החיצונה, בהיכל. והוא לא היה מאריך בתפילתו שם כדי שלא להבעית את העם היהודי, שאם לא כן היו מסיקים שקרה משהו ושהוא מת בקודש הקודשים.

גמרא: הגמרא שואלת: במה אנו עוסקים כאן? לאיזו תקופה מתייחסת המשנה? אם נאמר שהיא מדברת על בית המקדש הראשון, האם היו שם פרוכות אז? הייתה רק פרוכת אחת על המחיצה בת אמה אחת. אלא, אם נאמר שהמשנה עוסקת בבית המקדש השני, האם היה שם ארון?

הגמרא מפרטת: אבל האם לא נלמד בברייתא שכאשר ארון הקודש נגנז, עמו נגנזו צנצנת המן שהייתה לצדו, וצלוחית שמן המשחה, ומטה אהרן עם שקדיו ופרחיו, והתיבה ששלחו הפלשתים כמנחה [דורון] לאלוהי ישראל לאחר שלכדו את הארון והוכו בכמה מכות, כפי שנאמר: "ואת כלי הזהב אשר השיבותם לו אשם תשימו בארגז מצדו ושלחתם אותו והלך" (שמואל א ו:ח)?

§ ומי קבר את הארון? יאשיהו, מלך יהודה, קבר אותו. ומה הוא ראה שהחליט לקבור אותו? הוא ראה שכתוב: "ה' יוליך אותך ואת מלכך אשר תקים עליך, אל גוי אשר לא ידעת" (דברים כ"ח:ל"ו). מאחר שידע שעם ישראל עתיד לבסוף לצאת לגלות, סבר שמוטב שהארון לא יתבזה בגלות, ולכן קם וקבר אותו.

הגמרא מצטטת את המקור למסורת שיאשיהו גנז את הארון. כפי שנאמר: "ויאמר ללוים המבינים לכל ישראל הקדושים לה': תנו את ארון הקודש בבית אשר בנה שלמה בן דוד מלך ישראל; אין לכם משא בכתף, עתה עבדו את ה' אלוהיכם ואת עמו ישראל" (דברי הימים ב' ל"ה:ג'). במילים אחרות, מעתה ואילך הלוים לא יישאו עוד את הארון על כתפיהם, ועליהם להקדיש את עצמם לעבודתם בשירה ובנעילת שערי המקדש.

ורבי אלעזר אמר: הדבר נלמד באמצעות גזירה שווה, שכן נאמר לגבי הארון: "אשר על ארון העדות, לפני הכפורת אשר על העדות, שמה אִוָּעֵד לך" (שמות ל:ו), ונאמר: "קח צנצנת אחת ותן שמה מלא עומר מן, והנח אותו לפני ה' למשמרת לדורותיכם" (שמות טז:לג). וכן הוא עוד נלמד בגזירה שווה מן הלשון "דורות" הכתובה כאן ו"דורות" הכתובה לגבי שמן המשחה: "שמן משחת קודש יהיה זה לי לדורותיכם" (שמות ל:לא).

רבי אלעזר המשיך: וכן נלמד בגזירה שווה מן המונח "למשמרת" האמור כאן ומן "למשמרת" האמור בקשר למטה אהרן: "השב את מטה אהרן לפני העדות למשמרת" (במדבר יז:כה). גזירות שוות אלו מלמדות שכל הפריטים הללו נגנזו יחד עם הארון. לכאורה, לא היה ארון בקודש הקודשים עוד לפני תום תקופת הבית הראשון. אם כן, כיצד יכולה המשנה לדבר על הארון בתקופת הבית השני?

הגמרא משיבה: למעשה, המשנה מתייחסת לבית המקדש השני, ומהי משמעות הביטוי: מגיע לארון? הכוונה היא למקום הארון. הגמרא מקשה: והרי שנינו שהוא מניח את המחתה בין שני הבדים, דבר המורה שבדי הארון היו נוכחים. הגמרא משיבה: תקן את הנוסח ואמור: כאילו היה בין שני הבדים, כלומר, במקום שבו היו הבדים מונחים כאשר הארון היה שם.

§ המשנה לימדה: הוא צובר את הקטורת מעל הגחלים. הגמרא מעירה: למדנו במשנה בהתאם לדעתו של מי שאמר כי הוא צובר את הקטורת על הגחלים ואינו מפזרה שם. שנויה בברייתא אחת: הוא צובר את הקטורת בחלק של המחתה הקרוב ביותר לארון, שהוא הרחוק ביותר מן הכהן הגדול, עד שהוא מגיע לצד האחר של המחתה. ונשנתה בברייתא אחרת: הוא צובר אותה בחלק של המחתה הרחוק ביותר מן הארון, שהוא הקרוב ביותר אליו.

אביי אמר שסוגיה זו היא מחלוקת בין תנאים. ועוד אמר אביי: מסתבר לפרש בהתאם לדעתו של מי שאמר שהוא צובר את הקטורת בחלק של מחתת הגחלים הקרוב ביותר לארון, שהוא הרחוק ביותר ממנו. כפי שלמדנו במשנה שהם היו מלמדים את הכהן המקטיר את הקטורת: היזהר