ורבי יהודה אינו חולק. המשנה מרמזת שאפילו הוא מסכים לפסיקת המשנה.

אביי אמר: מאחר שהרב, כלומר, אולה, אמר: בשלבים מסוימים, התנאים המשתמעים מניסוח הפסוק מונעים את החלתם של תנאים המשתמעים מפסוק קודם המתאר שלב קודם, ואילו בשלבים אחרים, התנאים המשתמעים מניסוח הפסוק עומדים בפני עצמם וחלים גם בשלבים הבאים. מאחר שברור מדעתם של החכמים שהפסוק המתאר את הלקיחה והטבילה של האזוב יש להבינו כמציין שינוי בתנאים, בעל כורחו רבי יהודה חייב גם הוא להניח שיש שינוי בתנאים, כפי שהוסבר לעיל. לכן, בוודאי הוא חולק על פסיקת המשנה, אף על פי שדעתו החולקת אינה נזכרת במשנה.

הגמרא דורשת את הפסוק הבא: "והזה הטהור על הטמא" (במדבר יט:יט). הפסוק הקודם כבר קובע שמי שמזה חייב להיות טהור מבחינה טקסית. דרישה זו חוזרת כאן כדי להסיק את המסקנה הבאה: הוא טהור, דבר אשר בדרך של היסק מרמז כי בתחילה היה טמא מבחינה טקסית וכעת הסיר את טומאתו. עובדה זו משמעותית רק אם הכוונה היא לאדם שעדיין לא השלים את תהליך טהרתו. לפיכך, החזרה על הדרישה שמי שמזה יהיה טהור מלמדת על מי שטבל באותו יום, שהוא כשר להזות את המים בטקס הפרה האדומה. זהו אדם שנטמא בטומאה טקסית מסוג שממנה יהיה טהור לחלוטין רק עם רדת הלילה.

רבי אסי אמר: כאשר רבי יוחנן וריש לקיש ניתחו את הקטע של הפרה האדומה כדי לנסות לזהות דפוס עקבי באופן שבו יש להבין את התנאים המשתמעים, כלומר, מתי הם קיימים כדי לשלול תנאים המשתמעים בשלבים קודמים, ומתי הם מרמזים על תנאים שנותרים בתוקף בשלבים הבאים. הם העלו ממנה רק כשיעור עפר שהשועל מעלה משדה חרוש, כלומר, הם הגיעו למעט מסקנות. אלא, הם אמרו בסיכום שבפסוקים מסוימים התנאים המשתמעים מניסוח הפסוק שוללים את תחולתם של תנאים המשתמעים מפסוק קודם; ואילו בפסוקים אחרים, התנאים המשתמעים מניסוח הפסוק עומדים בפני עצמם וחלים גם בפסוקים הבאים. אולם, אין דפוס ברור כיצד לקבוע איזה פסוק משתמש באיזה סגנון.

תנא שהיה שונה ברייתות בבית המדרש שנה ברייתא לפני רבי יוחנן: כל השחיטות כשרות אם נעשו בידי מי שאינו כהן, חוץ משל הפרה האדומה. אמר לו רבי יוחנן: צא ושנה את אותה ברייתא בחוץ לבית המדרש, אך לא בפנים, שכן היא שגויה. לא מצאנו שום מקרה של שחיטה בידי מי שאינו כהן שהיא פסולה.

הגמרא מעירה: ורבי יוחנן היה משוכנע מאוד בכך. מיותר לומר שלא שמע לאותו תנא, אלא שאפילו לא שמע לרבו שלו, שסבר אותה דעה כפי שמובאת על ידי התנא, כפי שאמר רבי יוחנן משום רבי שמעון בן יהוצדק: שחיטת הפרה האדומה בידי מי שאינו כהן פסולה. רבי יוחנן הוסיף: ואני אומר שהיא כשרה, שכן לא מצאנו שום מקרה של שחיטה בידי מי שאינו כהן שהיא פסולה.

המשנה קובעת: הכהן הגדול בא ועומד ליד פרו בפעם השנייה ומתוודה: אנא ה', חטאתי... אני וביתי ובני אהרן, עמך הקדוש. הגמרא שואלת: מה שונה בווידוי הראשון שעשה על הפר, שבו לא אמר: ובני אהרן, עמך הקדוש, ומה שונה בווידוי השני שבו אמר: ובני אהרן, עמך הקדוש?

בית מדרשו של רבי ישמעאל לימד: זהו האופן שבו מידת הדין נוטה: מוטב שיבוא זכאי ויכפר על החייב, ולא יבוא חייב ויכפר על חייב אחר. בווידוי הראשון, הכהן הגדול עדיין לא השיג כפרה לעצמו. לכן, ראוי יותר שימתין עד הווידוי השני כדי לבקש כפרה עבור הכהונה.

משנה: הכהן הגדול היה שוחט את הפר ומקבל את דמו במזרק, ונותנו למי שהיה ממרס בו. והממרס היה עומד על הנדבך הרביעי של האבנים שבהיכל וממרס את הדם כדי שלא יקרוש בשעה שהכהן הגדול מקטיר את הקטורת. היה נוטל מחתה ועולה לראש המזבח ומפנה את השכבה העליונה של הגחלים לצד זה ולצד זה ובמחתה חותה גחלים מבין הפנימיות, המעוכלות שבגחלים. והיה אחר כך יורד ומניח את המחתה עם הגחלים על הנדבך הרביעי של האבנים שבעזרה.

המשנה מעירה על כמה מן הניגודים בין העבודה והנהלים שננקטו ביום הכיפורים לבין אלה שננקטו במשך שאר ימות השנה: בכל יום אחר, כהן היה חותה את הגחלים במחתה עשויה מכסף ושופך את הגחלים משם לתוך מחתה של זהב. אבל ביום הזה, ביום הכיפורים, הכהן הגדול חותה במחתה של זהב, ובאותה מחתה היה מכניס את הגחלים לתוך קודש הקודשים.

בכל יום אחר, כהן חותה את הגחלים במחתה של ארבעה קבין ושופך את הגחלים לתוך מחתה של שלושה קבין. אבל ביום הזה, הכהן הגדול חותה במחתה של שלושה קבין, ובה היה מכניס את הגחלים לתוך קודש הקודשים. רבי יוסי אומר נוסח שונה של הבחנה זו: בכל יום אחר, כהן חותה את הגחלים במחתה של סאה אחת, שהיא שישה קביןואז שופך את הגחלים לתוך מחתה של שלושה קבין. אבל ביום הזה, הכהן הגדול חותה במחתה של שלושה קבין, ובה היה מכניס את הגחלים לתוך קודש הקודשים.

בכל יום אחר הייתה מחתת הגחלים כבדה. אבל ביום הזה היא הייתה קלה, כדי שלא לעייף את הכהן הגדול. בכל יום אחר הידית שלה הייתה קצרה, אבל ביום הזה היא הייתה ארוכה כדי שיוכל גם להשתמש בזרועו כדי לתמוך במשקלה. בכל יום אחר היא הייתה עשויה מזהב ירקרק, אבל ביום הזה היא הייתה עשויה מזהב אדמדם. אלו הם דבריו של רבי מנחם.

בכל יום אחר, כהן הקריב פראס, חצי מנה, של קטורת בבוקר, ופראס אחר הצהריים, אך ביום הזה הכהן הגדול מוסיף מלוא חופניו קטורת ושורף אותה בקודש הקודשים. בכל יום אחר, הקטורת נטחנה דק כפי שנקבע בתורה, אך ביום הזה הייתה דקה מן הדקה.

בכל יום אחר הכוהנים עולים בצדו המזרחי של הכבש ויורדים בצדו המערבי, אך ביום זה הכוהן הגדול עולה באמצע הכבש ויורד באמצע. רבי יהודה אומר: לא היה הבדל בעניין זה. אפילו בשאר ימות השנה, הכוהן הגדול תמיד עולה באמצע הכבש ויורד באמצע, מפני חשיבותו.

בכל יום אחר הכהן הגדול מקדש את ידיו ואת רגליו מן הכיור כמו שאר הכוהנים, וביום הזה הוא מקדש אותן מן הקיתון של זהב, מפני מעלתו של הכהן הגדול. רבי יהודה אומר שלא היה הבדל בעניין זה. אפילו בשאר ימות השנה, הכהן הגדול תמיד מקדש את ידיו ואת רגליו מן הקיתון של זהב.

בכל יום אחר היו שם ארבע מערכות של עצים , על המזבח, אבל ביום זה היו חמש; זו דבריו של רבי מאיר. רבי יוסי אומר: בכל יום אחר היו שלוש, אבל ביום זה היו ארבע. רבי יהודה אומר: בכל יום אחר היו שתיים, אבל ביום זה היו שלוש.

גמרא: המשנה קובעת שדם הפר מעורבב על ידי כהן העומד בשורה הרביעית של המרצפות בהיכל, בעוד הכהן הגדול מקטיר את הקטורת בקודש הקודשים. הגמרא שואלת: והרי לא נאמר: "וכל אדם לא יהיה באוהל מועד בבואו לכפר בקודש עד צאתו" (ויקרא טז, יז). אם כן, כיצד יכול היה המערבב לעמוד בהיכל? אמר רב יהודה: תקן ושנה את המשנה כך: השורה הרביעית של המרצפות של ההיכל, כלומר, מחוץ להיכל בשורה הרביעית מן הפתח שלו.

החכמים לימדו בברייתא: הפסוק אומר: "ולא יהיה אדם באוהל מועד בבואו לכפר בקודש עד צאתו." הפסוק אוסר על כל אדם להיות בתוך אוהל מועד בשעת הקטרת הקטורת.