אבל לפי הגרסה השנייה של המחלוקת, שבה אמרת שרבי ינאי ורבי יוחנן חלוקים בשאלה האם הגרלת הגורלות מעכבת לפי רבי יהודה, אך לפי רבי נחמיה היא בוודאי מעכבת, אם כן מובן, לפי מי, כלומר רבי יוחנן, שאמר שהגרלת הגורלות אינה מעכבת, בהתאם לדעת מי נשנתה ברייתא זו? היא בהתאם לדעתו של רבי יהודה.

אולם, לשיטת אותו חכם, כלומר רבי ינאי, שאמר שלדעת רבי יהודה ולדעת רבי נחמיה כאחד, הגרלת הגורלות מעכבת, אם כן, בהתאם לדעת מי ניתן לשנות ברייתא זו? נראה שלדעת רבי ינאי, הברייתא אינה משקפת את דעתו של איש. על כורחך, הברייתא אינה יכולה לעסוק בהגרלת הגורלות, ויש להגיה ולשנות את הברייתא כאומרת שמצווה להניח את הגורלות על השעירים.

בוא ושמע קושיה נוספת על דעתו של רבי ינאי, כפי שהוצגה בנוסח השני של המחלוקת, הגורס ששניהם, רבי יהודה ורבי נחמיה, סבורים שהגרלת הגורלות מעכבת. ברייתא מלמדת: מצווה על הכהן הגדול להגריל את הגורלות ולהתוודות על השעיר המשתלח לעזאזל. אם לא הגריל או לא התוודה, העבודה עדיין כשרה. ברייתא זו גם נראית כאומרת שהגרלת הגורלות אינה מעכבת, בניגוד לדעתו של רבי ינאי. ואם תאמר: כך גם, יש להגיה את הברייתא ולומר שמצווה להניח את הגורלות על השעירים, הרי זה קשה. כיצד אם כן תאמר, כלומר תסביר, את הסיפא של אותה ברייתא, המלמדת: רבי שמעון אומר: אם לא הגריל, כשר. אם לא התוודה, פסול?

הגמרא מבהירה את הקושיה מן הסיפא: בברייתא זו, מה פירוש: הוא לא הגריל? אם נאמר שפירושו שהוא לא הניח את הגורלות על השעירים, אזי מכאן משתמע שרבי שמעון סבור שאף על פי שההנחה אינה מעכבת, ההגרלה מעכבת. אך אין זה נכון, שכן האם לא שנינו בברייתא: אם, לאחר קביעת השעירים, אחד מהם מת, מביאים שעיר חדש שיהיה בן זוגו של השעיר שנותר בחיים, והוא נקבע בלא הגרלה; זו שיטתו של רבי שמעון. לכן נראה שיש להבין את הברייתא לא כמתייחסת למצווה להניח את הגורלות, אלא כמתייחסת להגרלת הגורלות עצמה. לפיכך, הקושיה על דעתו של רבי ינאי בעינה עומדת.

הגמרא משיבה: עדיין ניתן להגן על דעתו של רבי ינאי בטענה שרבי שמעון לא ידע בדיוק מה החכמים אמרו, כלומר, האם הם התייחסו להגרלה או להנחת הגורלות. לכן, בתשובתו להם, כך הוא אומר: אם כאשר אתם אומרים: הגרלת הגורלות, אתם אומרים שעצם הגרלת הגורלות אינה מעכבת, כפי שגם אני סבור, אז אני חולק עליכם רק לגבי הלכה אחת, דהיינו לגבי חיוניות הווידוי. אבל אם, כאשר אתם אומרים: הגרלת הגורלות, אתם אומרים רק שההנחה של הגורלות אינה מעכבת, אך אתם מניחים שעצם הגרלת הגורלות מעכבת, אז אני חולק עליכם לגבי שתי הלכות, כלומר לגבי חיוניותם של הן הגרלת הגורלות והן הווידוי.

בוא ושמע קושיה נוספת על דעתו של רבי ינאי, שלדעת הכול ההגרלה מעכבת, מתוך ברייתא: עבודות שונות נעשות עם הפר והשעיר ועם דמיהם. עבודות אלו חייבות להיעשות בסדר מסוים, ולעיתים קרובות לסירוגין בין הפר לשעיר. אם עבודה אחת הוזנחה ועבודה מאוחרת הוקדמה לה, ההלכה היא כך: אי־ביצוע עבודה של הפר שהייתה צריכה להקדים עבודה של השעיר פוסל את עבודת השעיר, אם נעשתה בלא שאותה עבודת הפר קדמה לה.

עם זאת, אי-ביצוע עבודה של השעיר שהייתה אמורה להקדים עבודה של הפר אינו פוסל את עבודת הפר; אלא, היא כשרה בדיעבד. כלל אחרון זה חל על ההזאות של הדם שנעשו בפנים קודש הקודשים.

הגמרא מסבירה את הקושיה מן הברייתא: מובן, שאי־ביצוע עבודת הפר פוסל את עבודת השעיר שהוקדמה לה. ניתן להבין זאת לומר שאם הקדים את עבודת השעיר לפני עבודת הפר, הרי זה נחשב כאילו לא עשה כלום כלל. לאחר שנעשתה עבודת הפר, יש לחזור על עבודת השעיר. אולם, הכלל שבברייתא שאי־ביצוע עבודה של השעיר אינו פוסל את עבודת הפר שהוקדמה לה. לאיזה מקרה הוא מתייחס?

אם נאמר שהברייתא מתכוונת שאם הקדים אדם את ההזאות של הדם של הפר בקודש הנעשות כלפי הפרוכת לפני ההזאות של הדם של השעיר בפנים בקודש הקודשים, אזי אין הברייתא צריכה לפסוק שהדבר כשר. הלשון "חוקה" (ויקרא טז:כט) נכתבה לגבי הזאות דם השעיר בפנים בקודש הקודשים, ומשתמע מכך שעשייתן מעכבת כל עבודה שלאחר מכן.

אלא, האין זה כך שהברייתא חייבת להתייחס למקרה שבו הקדים אדם את ההזאות של הדם של הפר בפנים בקודש הקודשים לפני הגרלת הגורלות? אם כן, מן העובדה שסדר הגרלת הגורלות אינו מעכב, אפשר להסיק שהגרלת הגורלות עצמה גם אינה מעכבת. דבר זה יפריך אפוא את דעתו של רבי ינאי.

הגמרא שואלת האם זהו הפירוש האפשרי היחיד של הברייתא: לא, הברייתא יכולה להתייחס למקרה שבו הקדים אדם את ההזאות של הדם של הפר על המזבח לפני ההזאות של הדם של השעיר בהיכל שנעשו כלפי הפרוכת. וכך, הקביעה בברייתא שהדבר כשר בדיעבד היא בהתאם לדעתו של רבי יהודה, שאמר: דברים הנעשים בבגדי לבן מחוץ לקודש הקודשים אינם מעכבים. לכן, ההזאות של דם הפר על המזבח אינן יכולות לפסול עבודה אחרת.

הגמרא דוחה זאת כפירוש אפשרי של הברייתא: וכי לא לימדה סיומת הברייתא שהכלל חל על ההזאות של דם שנעשו בפנים קודש הקודשים? אם כן, הברייתא אינה יכולה להתייחס להזאת דם שנעשתה על המזבח.

אלא, יש להבין את הברייתא בדרך שהציעה הגמרא קודם לכן, שמשתמע ממנה שהגרלת הגורלות אינה הכרחית. אולם אין בכך בהכרח כדי להפריך את דעתו של רבי ינאי. אפשר לומר: בהתאם לדעת מי ברייתא זו? היא בהתאם לדעתו של רבי שמעון, שאמר: הגרלת הגורלות אינה הכרחית. רבי ינאי טען רק שרבי יהודה ורבי נחמיה הסכימו שהיא הכרחית.

ואם תרצה, אמור: למעשה, הברייתאהיא בהתאם לדעתו של רבי יהודה. אף על פי כן, עדיין ניתן להגן על דעתו של רבי ינאי: אמנם, הברייתא מלמדת שסדר הגרלת הגורלות אינו מעכב; אולם עדיין ייתכן שההגרלה עצמה בכל זאת מעכבת. דבר זה סותר את מה שהוצע קודם לכן, שאפשר להסיק מן העובדה שסדר הפעולות מעכב על כך שההגרלה עצמה מעכבת.

וכן רבי יהודה ורבי שמעון הולכים לפי קווי ההיגיון שלהם, כפי שנלמד בברייתא: