הגמרא שואלת: ביחס למה עיקרון הם חולקים? הגמרא מציעה שהם חולקים ביחס לסוגיה של איסור כולל, ומחלוקת זו נוגעת למעמדו של איסור כולל דווקא לפי דעתו של רבי יוסי. רבי חייא סבור שרבי יוסי הוא בדעה כי במקרה של איסור כולל, אדם חייב בשתי עילות. בר קפרא סבור שרבי יוסי הוא בדעה כי אדם חייב רק בעילה אחת.

הגמרא שואלת: ואיזה איסור כולל יותר יש כאן במקרים הללו? מובן, במקרה של זר ששירת במקדש בשבת, מלכתחילה היה מותר לו לעשות מלאכה בכל יום והיה אסור לו לעסוק בעבודה שבמקדש. כאשר באה שבת, מאחר שהוא כעת אסור במלאכה אסורה בכל ההקשרים מחמת שבת, הוא גם אסור במלאכות הקשורות לעבודת המקדש מחמת שבת. אכן, האיסור הנוסף של שבת התווסף לאיסור שכבר היה קיים על עשיית עבודה במקדש. זהו איסור כולל יותר, שכן הוא כולל גם מלאכה אסורה מחוץ למקדש.

הדבר נכון גם לגבי כהן בעל מום ששירת במקדש בעודו טמא טומאה פולחנית: בתחילה, לפני שנטמא, היה מותר לו לאכול מן הבהמות המקודשות אך נאסר עליו לבצע את עבודת המקדש, ככל הכוהנים בעלי המום. כאשר נטמא, מאחר שהוא כעת אסור באכילה מן הדברים המקודשים, נאסר עליו גם לבצע את עבודת המקדש מחמת אותה טומאה עצמה. אם כן, יש כאן איסור כולל יותר. ואולם, לגבי המקרה של עוף שנהרג על ידי מליקה, אתה מוצא שהאיסור על אכילת דברים מקודשים בידי זר והאיסור על אכילת נבלת בהמה שלא נשחטה כראוי חלים בו־זמנית. אולם אינך מוצא כאן איסור כולל יותר, שכן לא היה איסור מקורי שחל קודם לכן. תחת זאת, זהו מקרה של שני איסורים החלים בו־זמנית.

אלא, ההסבר הקודם נדחה, והגמרא מציעה במקום זאת כי הם נחלקים לגבי איסור נוסף שחל בו-זמנית, ומחלוקת זו נוגעת למעמדם של איסורים אלה דווקא לפי שיטתו של רבי יוסי. רבי חייא סבור שרבי יוסי מחזיק בדעה כי אדם חייב שתיים במקרים של איסורים החלים בו-זמנית. ובר קפרא סבור שרבי יוסי מחזיק בדעה כי אדם חייב רק אחת.

הגמרא מקשה על הסבר זה: אבל כאן, בשני המקרים הראשונים, איזה מקרה של איסורים החלים בבת אחת יש כאן? בשני המקרים הקודמים האיסורים חלו זה אחר זה, ולא בו־זמנית. הגמרא משיבה שאפשר לפרש גם מקרים אלה כמתרחשים בו־זמנית, כדלהלן: לגבי הזר שעבד בשבת, מדובר במקרה שבו קטן הביא שתי שערות ערווה, סימן לבגרות, בשבת. לפני אותו רגע הוא נחשב קטן ולכן לא היה חייב על מעשיו. לפיכך, זהו מקרה שבו האיסור לעבוד כזר והאיסור לחלל שבת חלו כאחד.

ביחס למקרה של מי שנעשה בעל מום, ניתן להסביר זאת גם כן: מדובר במקרה שבו קטן הצמיח שתי שערות ערווה והיה מיד לטמא טומאה פולחנית. זהו מקרה שבו האיסור לגבי בעל מום כהן והאיסור לגבי טומאה פולחנית חלו כאחד. לחלופין, ייתכן שמדובר במקרה שבו הוא כרת את אצבעו בסכין טמאה פולחנית. כאן, החתך והסרת אצבעו הפכו אותו בו־זמנית לבעל מום ולטמא טומאה פולחנית.

לאחר הבהרה זו של המחלוקת, העניין נבחן כעת מזווית אחרת: נניח, לפי דעתו של רבי חייא, ניתן להסביר את המחלוקת בין גרסתו לפסיקתו של רבי יהודה הנשיא לבין זו של בר קפרא כך: כאשר רבי יהודה הנשיא לימד את רבי חייא, הוא לימד אותו לפי דעתו של רבי יוסי, ורבי יוסי סבור שיש מקרים שבהם שני איסורים יכולים לחול כאחד. וכאשר רבי יהודה הנשיא לימד את בר קפרא, הוא עשה זאת לפי דעתו של רבי שמעון, הסבור שאיסור חדש לעולם אינו יכול לחול במקום שבו כבר קיים איסור אחר. לכן יכול היה רבי חייא להבין מדוע בר קפרא התעקש על דעתו. רבי חייא סבר שבר קפרא אכן מוסר אמירה מדויקת של רבי יהודה הנשיא, שכן רבי יהודה הנשיא התייחס לדעתו של רבי שמעון. רבי חייא הניח שבר קפרא לא הבין שאמירתו של רבי יהודה הנשיא אינה בהתאם לדעתו של רבי יוסי. אולם לפי בר קפרא, האם רבי חייא אמר אפוא דבר שקר? כיצד היה בר קפרא מתייחס לשבועתו של רבי חייא? האם חשב שרבי חייא יישבע ששמע דברים מפי רבי יהודה הנשיא שמעולם לא נאמרו?

אלא, יש להסביר זאת באופן שונה: רבי חייא ובר קפרא חלוקים בנוגע למקרים שבהם שני איסורים חלים בו־זמנית, ומחלוקת זו נוגעת למעמדם של איסורים אלה דווקא לפי דעתו של רבי שמעון. אפשר היה להציע שכאשר שני האיסורים חלים בו־זמנית, רבי שמעון יודה ששניהם חלים. אולם גם הסבר זה מעורר קושי: ניחא, לשיטת רבי חייא, ברור מדוע נשבע. הוא עשה כן כדי לשלול את ההבנה של דעתו של רבי שמעון שהייתה מבוססת על דעתו המשוערת. מאחר שהיה ידוע שרבי שמעון סבור שאין איסור חדש חל במקום שכבר קיים איסור אחר; זוהי ההבנה הרגילה של שיטתו. לכן היה על רבי חייא להישבע כדי להדגיש שלמרות שיטתו הכללית של רבי שמעון, במקרים שבהם האיסורים חלים בו־זמנית, הוא יודה ששני האיסורים יכולים לחול. אולם, לשיטת בר קפרא, מדוע היה צורך להישבע? היה די לו לומר את דבריו בלבד, שכן הם תואמים את ההבנה הרגילה של שיטת רבי שמעון. הגמרא מעירה: אכן, זהו קושי.

אפשר להעלות קושי על הסבר זה גם מזווית אחרת: נניח, שלפי בר קפרא, כאשר רבי יהודה הנשיא לימד אותו, הוא לימד אותו לפי דעתו של רבי שמעון, הסבור ששני איסורים אינם יכולים לחול אפילו במקרים שבהם הם חלים בו־זמנית, וכאשר לימד את הפסיקה לרבי חייא היה זה לפי דעתו של רבי יוסי. בהתאם לכך, רבי חייא אכן נשבע ששמע שאדם חייב רק משום איסור אחד, אך הוא הבין בטעות שזו דעתו של רבי שמעון. אולם, לפי רבי חייא, הסבור שרבי שמעון מודה שבמקרים שבהם האיסורים חלים בו־זמנית אדם חייב על שניהם, האם בר קפרא שיקר? דבריו לא יתאימו לא לדעת רבי שמעון ולא לדעת רבי יוסי.

הגמרא משיבה: רבי חייא היה יכול לומר לך שכך אירע: כאשר רבי יהודה הנשיא לימד אותו, את בר קפרא, הוא לימד אותו שני מקרים של פטורים, כלומר, המקרים של זר שעבד במקדש בשבת ושל כהן בעל מום שעבד כשהוא טמא טומאה פולחנית. שני אלה הם מקרים של איסורים כוללים יותר, והוא הודיע לבר קפרא שרבי שמעון מחייב בהם רק משום אחד, מפני שרבי שמעון סבור שאיסור חל במקום שכבר קיים איסור אחר רק אם האיסורים חלים בבת אחת, אך לא במקרים של איסורים כוללים יותר.