בשל טימואם את המקדש או את מאכלי הקורבנות שלו. באמצעות מה, אם כן, הם מתכפרים על כך? האם באמצעות השעיר הפנימי או פרו של אהרן? מוטב לומר שהם מתכפרים באמצעות פרו של אהרן, שכן מכל מקום לגבי בני ביתו נעשה חריג לכללו שהוא מכפר רק על אהרן. ואין לומר שהם מתכפרים באמצעות השעיר שהזאת דמו נעשית בפנים ההיכל, שכן לא מצאנו שלגבי בני ביתו של אהרן נעשה חריג לכללו.

ואם תרצה לומר שניתן להפריך סברה זו, אפשר להביא ראיה אחרת, כפי שנאמר: "בית אהרן, ברכו את ה'", שמתייחס לכל הכוהנים ולא רק לבני ביתו הקרובים של אהרן, ולכן מסתבר שפרו של אהרן יכפר עליהם.

הגמרא מבהירה את החלק האחרון של הברייתא: ומהי ההפרכה האפשרית שאליה מתכוונת הברייתא כשהיא אומרת: אם תרצה לומר שניתן להפריך נימוק זה? הגמרא מסבירה: ואם תאמר על הראיה הקודמת שאין זה נכון להציע שכל הכוהנים מתכפרים בפרו של אהרן, שהרי לגביו נכתב הביטוי: "ביתו" (ויקרא טז:ו), שנכתב, ומשתמע שהוא מכפר רק על משפחתו הקרובה, הרי שניתן להפריך זאת, שכן כל הכוהנים נקראים יחדיו ביתו, כפי שעולה מאותו פסוק שנאמר: "בית אהרן, ברכו את ה'; בית לוי, ברכו את ה', יראי ה', ברכו את ה'."

הגמרא מקשה על כמה מן הדרשות של הברייתא: ומה לגבי ביטוי זה: "שעיר העם" (ויקרא טז, טו), האם הוא בא ללמד את מה שהברייתא מלמדת, כלומר, שהכוהנים אינם מתכפרים בו? והרי ביטוי זה נצרך ללמד שהרחמן אומר שהשעיר חייב להיות נקנה בכספים שנאספו מן העם. הגמרא דוחה זאת: דרישה זו נלמדת מן הפסוק: "ומאת עדת בני ישראל יקח שני שעירי עזים" (ויקרא טז, ה).

הגמרא שואלת עוד: ובאשר לביטוי זה: "פר החטאת אשר לו" (ויקרא טז:ו), האם הוא בא ללמד את מה שהברייתא מלמדת, כלומר, שהוא מכפר רק על עבירותיו של אהרן, ולא על עבירותיהם של אחרים? אבל אותו ביטוי נצרך למה שנלמד בברייתא: הכהן הגדול מביא, כלומר, קונה, את הפר משלו, ואינו מביא אותו מכספים שנגבו מן הציבור.

אפשר היה לחשוב כי הוא אינו מביא אותו מכספים שנאספו מן הציבור, משום שהציבור אינו מתכפר באמצעותו, אך הוא רשאי להביא אותו מכספים השייכים לאחיו הכוהנים, משום שאחיו הכוהנים מתכפרים באמצעותו. כדי לשלול זאת, הפסוק אומר: "פר החטאת אשר לו", ללמד שעליו לקנותו מכספו שלו בלבד. אפשר היה לחשוב כי אין לו להביא אותו מכספם של אחרים, אך מכל מקום, אם עשה כן עדיין יהיה הדבר כשר. כדי לשלול זאת, הפסוק שב ואומר "אשר לו". הפסוק חוזר על הביטוי כדי לעשות את הדרישה לעיכובא.

אם שני האזכורים של הביטוי "שלו עצמו" נחוצים כדי ללמד על בעלותו על השור, כיצד יכולה הברייתא שלעיל להציע שהביטוי מציין שהשור מכפר רק על עבירותיו של הכהן הגדול? הגמרא מסבירה: זהו מה שקשה לתנא של הברייתא: מה שונה בשעיר של העם, שמסביר מדוע אינו מכפר על הכוהנים? ההבדל הוא שהכוהנים לא ויתרו על שום כסף עבור קנייתו . לכן הוא אינו מכפר על הכוהנים, אלא רק על בני ישראל, כפי שכתוב לגבי השעיר הפנימי: "של העם." ולגבי פרו של אהרן גם כן, הכוהנים אינם מוותרים על שום כסף עבור קנייתו , ולכן יוצא שלא ראוי שיתכפרו בו. ולכן, כדי להסביר מדוע הם אכן מתכפרים בו, הברייתא אומרת שכל הכוהנים נקראים יחד : ביתו.

§ הגמרא חוזרת לדיונה במחלוקת בין רבי יהודה לרבי שמעון. הגמרא שואלת: מובן, לשיטת רבי שמעון, הסבור שהכוהנים אינם מתכפרים באמצעות השעיר לעזאזל, זהו הטעם שנכתב בתורה שיש לומר שני וידויים על הפר ושיש להכניס את דם הפר אל תוך המקדש: מתוך שלוש צורות כפרה אלו, אחת מקבילה לכפרה שמספק השעיר שהזאת דמו נעשית בפנים המקדש, אחת מקבילה לכפרה שמספק השעיר שהזאת דמו נעשית בחוץ המקדש, ואחת מקבילה לכפרה שמספק השעיר לעזאזל.

אלא שלדעת רבי יהודה, הסבור שהכוהנים אכן מתכפרים באמצעות השעיר המשתלח, מדוע אני צריך את שני הווידויים הנאמרים על הפר ואת דם הפר המובא פנימה אל תוך המקדש? וידוי אחד על הפר ודמו המובא פנימה אל תוך המקדש היה מספיק.

הגמרא משיבה: יש צורך בשני וידויים, אחד עבור הכהן הגדול עצמו, ואחד עבור בני ביתו, כלומר, הכוהנים, כפי שלימדה אסכולתו של רבי ישמעאל: הכהן הגדול חייב תחילה להתוודות על עבירותיו שלו ורק לאחר מכן על אלו של הכוהנים, משום שכך פועלת מידת הדין: מוטב שהזכאי יבוא ויכפר על החייב, מאשר שהחייב יבוא ויכפר על החייב. כאשר הכהן הגדול מתוודה על עבירותיהם של בני ביתו, מוטב שכבר ייחשב זכאי, לאחר שהתוודה ונתכפרו עבירותיו שלו.

משנה: בנוגע למקרים של ידיעת טומאת המקדש על ידי כניסה אליו כשהוא טמא, או טומאת מאכלי הקורבנות שלו על ידי אכילתם כשהוא טמא, יש שתיים שהן למעשה ארבע. כיצד? אם אדם נטמא והוא היה מודע לכך שהוא טמא, אך לאחר מכן טומאתו נעלמה ממנו, אף שזכר שהוא אוכל מאכל קודש, האסור למי שנמצא במצב של טומאה; זהו אחד מארבעת סוגי ידיעת הטומאה.

אם העובדה שהוא אכל מזון קורבני נעלמה ממנו, אף שזכר את הטומאה הפולחנית שנטמא בה — זהו הסוג השני מארבעת סוגי הידיעה של טומאה. ואותה הלכה חלה גם אם זה וזה נעלמו ממנו, הן העובדה שהיה טמא והן העובדה שאכל מזון קורבני. בכל המקרים הללו, אם אכל מן המזון הקורבני ולא היה מודע לכך שהיה טמא, או לכך שהמזון הוא מזון קורבני, או לשניהם, ולאחר שאכל ממנו נודע לו מה ששכח, הרי הוא חייב להביא קורבן עולה ויורד. בסוג זה של קורבן, החוטא מקריב בהמה, עוף או מנחה, לפי מצבו הכלכלי.

וכך גם לגבי הכניסה אל המקדש: אם אדם נטמא והוא היה מודע לכך שהוא טמא, אך לאחר מכן נעלמה ממנו טומאתו, אף שזכר שהוא נכנס אל המקדש, דבר האסור למי שנמצא במצב של טומאה; זהו השלישי מארבעת סוגי הידיעה של טומאה. אם העובדה שהוא נכנס אל המקדש נעלמה ממנו, אף שזכר את הטומאה שנטמא בה; זהו הסוג הרביעי של ידיעת טומאה. ואותה הלכה חלה אם גם זה וגם זה נעלמו ממנו, גם העובדה שהיה טמא וגם העובדה שהוא נכנס אל המקדש. בכל המקרים הללו, אם הוא נכנס אל המקדש ולא היה מודע לכך שהוא טמא, או לכך שהוא נכנס אל המקדש, או לשניהם, ולאחר שיצא נודע לו מה שנעלם ממנו, הרי הוא חייב להביא קורבן עולה ויורד.

באשר לגבולות המקדש לעניין הלכות טומאה, אותה הלכה חלה על מי שנכנס אל השטח שהיה חלק מעזרת המקדש המקורית ועל מי שנכנס אל התוספת המאוחרת לעזרת המקדש, משום שהחלק הנוסף מקודש בכל קדושת עזרת המקדש. המשנה מציינת: כשם שניתן להוסיף על העיר ירושלים או על עזרות המקדש רק על ידי גוף מיוחד הכולל את המלך, נביא, האורים ותומים, והסנהדרין של שבעים ואחד דיינים, ועם שתי תודות ועם שיר מיוחד. לאחר שהתוספת לעזרה נעשית על ידי גוף זה ובתהליך זה, ניתנת לה כל קדושתה של העזרה המקורית.

המשנה מספקת פרטים מסוימים על טקס ההקדשה. ובית הדין היה מתקדם קדימה, ושתי תודות היו מובאות אחריהם, וכל העם היהודי היה הולך מאחוריהם.